La chapelle de l'Université Sancti Spiritus est située au niveau de la quatrième partie latérale droite de la façade. À partir de là, on peut accéder au Salon des Actes par la partie arrière, en passant par le chœur. Concernant le retable, signalons qu'il s'agit d'un retable doté de dimensions considérables et d'une bonne facture. Cette œuvre est attribuée à l'artiste Pierres Picart, qui travailla également à la chapelle de la Piedad de la paroisse de San Miguel.
Il est constitué de soubassement, de quatre corps et d'un attique. Son style, quoiqu'appartenant à l'art plateresque, se rapproche beaucoup de l'art maniériste, notamment en ce qui concerne la distribution de l'attique, ce qui n'est guère surprenant, puisque Berruguete, un maître ayant apparemment influencé Picart, entreprit un première approche au maniérisme.
Sur la rue centrale, on trouvera des reliefs de San Miguel, de la Venida del Espíritu Santo (la Venue du Saint Esprit) et de la Ascensión de la Virgen (l'Ascension de la Vierge), un blason de Don Rodrigo et le haut-relief du Padre Eterno (Père Éternel).